Окончательно скорректирую свою позицию.
В зависимости от акцентов возможны два варианта.
1. С другой стороны
, при правильной настройке программа действительно работает и выполняет требуемую функцию.
Без акцента на выражении "при правильной настройке"
2. С другой стороны при правильной настройке
, программа действительно работает и выполняет требуемую функцию.
С акцентом на "при правильной настройке"
А "действительно" в данной конструкции не выделяется запятыми.
А вообще, я бы сказал, что это не уровень школьной программы. Эти правила далеко не все корректоры в издательствах знают и правильно применяют. Хотя, как говорится, ответственности это ни с кого не снимает.
