Я обращал внимание, когда конвертирую исходное видео с частотой кадров 24,9 в итоговый файл в котором указано 29 кадров в секунду. Динамические сцены, как то странно подергиваются.
Когда конвертирую исходное видео 24,9 кадра в файл у которого указано 24,9 кадра, все плавно, ничего не дергается.

Телевизоры есть с технологией 100Гц, считается хорошо. Если следовать логике, то почему именно 100, а не 120Гц? Было бы кратно. Ни уж то под наши стандарты оптимизация?

Почему под наши стандарты? PAL - самый распространенный формат, имеет 50 Гц. А 120 это для NTSC, там 60 Гц. Эти удвоения кадров и родились для оптимизации телевизионного вещания.

Всё правильно написано в заметке. Такой эффект имеет место быть и связан он не с типом монитора, ЖК или ЭЛТ, а с тем, что вывод видео на экран (десктоп) компьютера синхронизирован с выбранной частотой кадровой развёртки монитора. Т.е. программное обновление поверхности рабочего стола (отображение очередного телевизионного кадра) делается видеорендером в момент прихода гасящего кадрового кадрового синхроимпульса. Т.к. частота кадров монитора выше частоты телевизионной развёртки, то периодически неизбежно возникает ситуация, когда предыдущий TV кадр только что выведен, следующий ещё не готов, а тут снова приходит пора обновить экран монитора. Обновление происходит со старым кадром и его жизнь на экране продлевается ещё на один период кадровой развёртки монитора. Это очень хорошо видно на бегущей строке.