Это называется стробирование. Возникает при перепутывании полей (верхнее и нижнее) во время кодирования в MPEG-2 формат. К сожалению, для разных видеоисточников, первое поле может быть разным, поэтому, чтобы такой эффект не повторялся в дальнейшем, надо для каждого конкретного источника, один раз экспериментальным путем выяснить какое правильно поле выставлять, и всегда выставлять его при кодировании с этого источника. Например, с телеэфира первым идет верхнее поле, а с разных видеокамер по-разному, хотя чаще нижнее.

Попробуйте закодировать в MPEG-2 небольшой фрагмент видео, запишите на DVD диск и включите его воспроизведение на бытовом DVD проигрывателе. Если будет наблюдаться эффект стробирования, то поменяйте очередность полей (верхнее и нижнее), и снова закодируйте в MPEG-2. Для верности, снова запишите на DVD и попробуйте проиграть, если будет все нормально, то запомните установки и всегда используйте выявленную очередность полей для кодирования с этого источника видеосигнала.